SurePrint技术,寡核苷酸的高通量私人定制

2018-07-04 绿谷生物 生物谷
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基因芯片、二代测序捕获Panel,甚至FISH探针,均早已进入了私人定制时代。可靠的私人定制可以帮助用户更好的靶向基因序列目标区域,在节省费用的同时获得目标区域的更可靠的信息。私人定制说来轻巧,门槛可不低。对于终端用户而言,私人定制往往有不低的起订量门槛和很长的货期,这对于正处于优化与摸索阶段的用户来说是个头疼的问题。对于有些厂家来说,由于其私人定制需要重合光衍生膜或者合成模板,起步成本就很高,同时占用工厂的产能,如果不设最低起订量,不仅不赚钱还影响了正常产品的生产。所以,真正意义的私人定制既要有灵活的起订量又要有合理的可负担的价格和货期。


安捷伦拥有全球领先的工业级寡核苷酸合成技术,借助该技术安捷伦可以提供业内最为灵活的寡核苷酸合成,包括合成基因芯片、二代测序的靶向捕获探针文库、FISH探针,以及最近非常热门的CRISPR 向导RNA文库。安捷伦之所以具备如此全面而灵活的合成能力,还要追溯安捷伦的历史。


很多人不知道,安捷伦源自惠普(HP)。在具有里程碑意义的1999年,安捷伦的老东家惠普宣布战略性重组,将HP一拆为二,其中安捷伦作为独立的测量公司包揽了元器件、测试与测量、化学分析、和医疗仪器业务,而HP则作为一家计算机与影像公司继承了老东家的名字。HP的打印技术无人不知,安捷伦借助惠普的技术优势,直接把喷墨打印技术用在了寡核苷酸合成上。在一些介绍安捷伦寡核苷酸合成技术的资料上大家可能会看到 “inkjet” 技术。没错,inkjet就是喷墨技术,在百度百科里将其解释为 “一种新的无接触、无压力、无印版的印刷技术,将电子计算机中存储的信息输入喷墨印刷机即可印刷”。脑洞大开的安捷伦将不同颜色的墨盒换成了A/T/C/G四种碱基,直接在玻璃片上原位打印合成寡核苷酸,这种寡核苷酸的合成无需接触、无需制板,直接将电脑里的核酸序列信息转化为玻璃片上的寡核苷酸。这一技术即我们所说的SurePrint技术。


1. SurePrint 技术合成寡核苷酸

精确的喷墨工艺可准确运送极小量的待喷点物质到指定位置,在小小的一块标准尺寸载玻片上可以打印多达1百万条不同的寡核苷酸序列。SurePrint技术一次打印的寡核苷酸不仅数量多,同时质量也相当可靠。讲到质量,它包括三个因素:长度,产率以及准确度。在传统的合成技术下,一旦寡核苷酸的长度超过50 mer,就会开始累积大量缺失,导致最终有效的寡核苷酸的数量大幅降低。图2可以清楚的看出,传统技术(红色)在合成50 mer长度的寡核苷酸时,全长的高保真寡核苷酸的产率不到40%;在合成150 mer长度的寡核苷酸时,全长产率甚至不到5%,这也就是为什么很多公司提供的合成服务的价格随着核酸长度的增加呈几十倍的增长。而SurePrint技术可以妥妥的合成长度超过200 mer高保真度的寡核苷酸,价格的增加也很有限。对了,SurePrint还有一套完善的实时质量监察系统,它可以对每一次喷点进行确认,以最小化甚至消除漏点以及合成中断的问题。所以用户若是想获得最灵活多样的合成服务,那非安捷伦莫属了。


2. 传统合成技术与SurePrint技术对比

看到这里,您可能会问,这么多的寡核苷酸探针要如何设计才能确保他们的有效性呢?这里小编就不得不夸一夸功能强大又使用方便的SureDesign免费在线设计工具。SureDesign是一款基于网页的应用程序,用户无需付费即可使用。在 SureDesign 中,您可以选择安捷伦目录产品定义的探针组或构建您自己的探针组。比如,利用这款工具,您可以自行设计您自主知识产权的二代测序靶向序列捕获探针组,只要把需要富集的基因名或坐标输入系统,SureDesign便会自动帮您设计最优化的探针组;如果您相中了某款安捷伦目录产品,但又想在其基础上增加或减少一些探针,也可以通过SureDesign实现。用同样的方法您还可以设计微阵列芯片、FISH探针以及CRISPR的向导RNA文库。是不是非常方便啊!如果您有定制的需求,不妨快来试试SureDesign,自己动手设计产品!


对了,来看看SureDesign的忠粉是怎么评价安捷伦的订制探针的吧!


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