于军教授水稻基因组文章成为基因组学热点文章

2007-02-02 生物通
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        2月1日,《The  Scientist》杂志将于军教授05年发表的文章评为基因组学热点文章。

        北京基因组研究所于军(Jun  Yu)教授率领的研究小组利用自主研制的计算程序,改进了印度水稻和日本水稻的基因组装备(genome  assemblies),并通过对比它们的基因组序列掌握了水稻的进化历史。

        对于研究结果,英国莱斯特大学Pat  Heslop-Harrison说,倍增片段(Duplicated  segments)大约占基因组的65.7%,这比预期的要高。“我们认为倍增基因以及重复基因很难被拷贝,这可能导致基因组失衡。”

        于军小组目前正在利用微列阵技术(microarrays)观察杂交水稻系,并将杂交水稻基因组与亲代基因组进行比对。于军小组认为掌握杂交水稻的重要意义在于,它们比亲代的产量要高20-25%。Heslop-Harrison说这项研究工作,在比较基因组学方面给研究人员提供了更多帮助,有助于他们研究其它植物的种间杂交。(生物通记者  小粥)

参考:

Yu  et  al.,  "The  genomes  of  Oryza  sativa:  a  history  of  duplications,"    PLoS  Biol,  3:  e38,  2005.  (Cited  in  74  papers)    

                        附:于军  (  Jun  Yu  )  简介



                        教授,副所长,美国纽约大学博士  

                        电话:(010)  80481455  

        研究方向:  

        组建多系统生物学或称基因组生物学研究平台,从不同物种的基因组(全部基因)入手,在基因组水平上(具有整体和普遍意义的变化)理解基因组信息,设计生物学实验,建立研究基因组生物学的方法和手段,研究具有普遍意义的基因生物学基本规律。研究的范围包括如下几个方面:(1)基因组组分动力学(包括原核生物与真核生物在内的基因组组分在以基因为单位时的变化规律);(2)基因产物的识别方法和动态测定,用于研究基因产物的表达规律和相关性,进而揭示基因的生物学功能和在生物系统中的意义;(3)基因与基因组的变异或称多态性及其遗传规律;(4)物种基因组进化的分子机制与具有普遍意义的规律。

        目前的研究课题包括:(1)通过基因组组分的信息分析与数据处理,揭示生物信息编码系统的规律、演化和关系;(2)揭示基因表达、基因组多态性与物种进化、物种化、动植物家养化的关系  (  如杂交优势产生的分子机理  )  ;(3)  DNA  变异的规律(基因与转录子)与分子机制(复制与  DNA  修复)的关系;(4)人类基因组的功能注释(如超大基因的功能研究、重叠排列基因的发生与调控、与免疫和代谢相关基因的变异及规律);(5)有花植物基因组的演化(现代多倍体、古多倍体、基因组重复、基因的串联重复等)  

                          

        主要科研成果:  

        于军博士的博士论文题目是用细胞学和分子生物学方法研究表皮组织的分化。该研究发现、克隆和定名了一类新的膀胱表皮特异膜蛋白,Uroplakins  (  膜板块蛋白  )  ,共发表相关论文十篇(包括  Journal  of  Cell  Biology  ,  Journal  of  Biological  Chemistry  等主要杂志)。  1993  年起为“人类基因组计划”的大规模测序阶段到来做技术准备工作,与  Dr.  Gane  Wong  共同建立“多酶全解物理图谱”制作技术,并将该技术用于大规模  DNA  测序实践。先后在  Genome  Research,  PNAS,  Genomics  等专业杂志发表相关论文十余篇。1997年起研究基因组学基本理论和生物信息学方法。提出一系列基因组学基本概念,例如已发表在  Genome  Research  上的数篇论文,指出“所谓‘垃圾'  DNA  在人类基因组实际是内含子  DNA  ”,“人类基因组的序列几乎全部转录为  RNA  ”,“人类基因平均长度是目前估计值的两倍”,“最小内含子具有重要生物学意义”。  1998  年开始基因多态性和单核苷酸多态性  (SNP)  研究,用重新测序的方法验证编码区  SNP  的分布特点,研究结果在  Nature  Genetics发表。同年起在中国科学院指导大规模  DNA  测序工作,主持了“腾冲泉生热孢菌基因组计划”,“人类基因组计划北京部分(  1%  计划)”和“中国杂交水稻基因组计划”等测序工作  ,  已在  Nature,  Science,  Genome  Research和《科学通报》发表集体论文多篇。目前的研究工作主要是建立基因组研究的生物信息学工具和技术,研究基因组进化的分子机制和基因组比较分析。于军博士还参与数部专著的写作。