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[Bioinformatics]miRTarbase简介

  

 miRTaebase是台湾那边搞的一个专门收集有实验证据支持microRNA及其靶基因间关系的数据库,虽然收录数据不多但是还是蛮好用的,抽了点时间把资料整理了一下。整个数据库内容下载下来一张Excel表也就搞定了。在网页上用miRgene等搜索也很方便,关键是有文献啊!用其中一部分人的数据记录验证了一下TargetScan、miRanda、miRDB等几个常用的microRNA靶基因预测工具,发现还是TargetScan最好用。

网址: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

术语:MITs: microRNA-target interactions

人工文献检索的方式

实验:

  • Western blot
  • Report assays
  • pSILAC(pulsed SILAC)
  • Microarray
  • qRT-PCR等

整合其他的含实验证据的miR靶基因数据库

  • TarBase
  • miRecords
  • miR2Disease

数据整合过程:

① 用关键字【microRNA targets】或【miRNA targets】等在PubMed中查找文献并获取全文。

② 全文检索,文本挖掘,寻找和MTIs实验有关的信息。

③ 对进一步检索得到的文献每篇均由至少2人进行人肉检索验证【哇哈哈哈】

④ 区分强实验证据和弱实验证据。前者包括Western blot、Report assays、Branched DNA probe assay,后者包括pSILAC(pulsed SILAC)、Microarray、5"RACE、ELISA、Immunoblot等

在1.0版中平均每个人miR结合五个靶基因,到了最新的3.5版平均6个。

版本:

① V1.0发布于Oct 15, 2010,有657miRs,2297 target genes, 17个物种

② 目前是V3.5,发布于Nov 1, 2012,有726miRs,4867项MITs记录,2789条 target genes, 17个物种

相关的参考文献:

miRTarBase: a database curates experimentally validated microRNA-target interactions

Hsu SD, Lin FM, Wu WY, Liang C, Huang WC, Chan WL, Tsai WT, Chen GZ, Lee CJ, Chiu CM, Chien CH, Wu MC, Huang CY, Tsou AP, Huang HD. (2011) Nucleic acids research. [ PUBMED ]

相关参考
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