系统性红斑狼疮是一种累及多系统多脏器的自身免疫性疾病，目前我国约有100万左右患者。其发病原因尚不完全清楚，临床表现变幻莫测，原有的造血干细胞治疗方法，费用昂贵，且身体产生的排异也无法根本解决。
孙凌云一直致力于该病临床研究，1998年，他率先在亚洲开展造血干细胞移植治疗系统性红斑狼疮，取得良好疗效。2003年，课题组开始对骨髓间质干细胞移植治疗系统性红斑狼疮开展研究。
骨髓里的造血干细胞和间质干细胞，好比种子与土壤的关系。但后者不会像前者那样出现排异反应，且具有调节免疫和支持造血的功能，能抑制红斑狼疮患者体内异常活化的淋巴细胞，抑制抗体的产生，修复损伤的肾脏，改善肾功能。孙凌云说，“这对手术难度而言就下降了不少，干细胞来源无需大海捞针地去找，几乎任何健康的人都可以。”
鼓楼医院在研究过程中，先后攻克了骨髓间质干细胞分离体外大规模培养等难题，对骨髓间质干细胞的特性和功能进行了深入研究，完成了红斑狼疮动物模型的移植治疗研究，并在世界著名专业学术刊物《狼疮》Lupus杂志上发表了相关研究成果。
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